奥密克戎大流行

导读

新冠病毒作为一种正链RNA病毒,容易突变。现在流行的奥密克戎突变株(Omicron)传染性很强而致病性弱,有些人甚至将其看作一个大号流感。那么,该突变毒株真的可以让人躺平吗?

奥密克戎最早于年11月9日在南非首次检测到,11月26日,世卫组织将其定义为第五种“关切变异株”,取名希腊字母Omicron。11月29日,该变异毒株在全球总体风险被评估为“非常高”,可能在世界广泛传播。

与其他变种一样,Omicron变种由许多谱系和子系组成。Omicron目前最常见的三个谱系是BA.1,BA.1.1和BA.2,最近追踪到BA.1和BA.2的重组毒株。

传染性强

Omicron变种比德尔塔(Delta)变种传播得更快。从下图可以看到,最上面是年南非每天报告的新冠肺炎新病例的7天平均值;中间为测序样本中前5个病毒谱系的频率。下面是贝叶斯统计模型预测的前5个病毒谱系的频率。数据来源于参考文献[1]。可以看到,Omicron一出来,就挤占了其他变异株的生存空间,包括引起年年中大流行的Delta变种。

相对于最初发现的新冠病毒,Delta变种的传播率至少提高了40%-60%,导致更高的病毒载量。Omicron至少鉴定出50个突变,其中32个突变与参考菌株相比涉及刺突蛋白。相比之下,Delta只有9个刺突蛋白突变以及其他13个突变。

SARS-CoV-2基因组突变示意图。Delta(蓝色)和Omicron(红色,BA.1,;橙色,BA.2)相对于武汉毒株被标示出来,粗体表示非同义突变。位置是相对于改变的蛋白质(非同义突变)或基因组的第一个核苷酸(同义突变)的开始给出的。不同种类的蛋白由颜色标示,非结构蛋白,Nsp1到-16(蓝色);结构蛋白、刺突蛋白(S)、包膜(E)、膜(M)和核衣壳(N)(红色);辅助蛋白,ORF3到10(绿色)[2]。

刺突蛋白突变如下图所示,Omicron的一半突变在RBD中。之前的研究发现,RBDT-T环和Y作为病毒特异性识别ACE2的决定因素。与Delta变体相比,在刺突蛋白受体结合区域的大量突变,导致与ACE2的高结合特异性,这可能导致更高的传播率。

Delta和Omicron变种刺突蛋白(S蛋白)的比较[3]。

致病性变弱

年1月,香港大学在《Nature》杂志发表题为“AttenuatedreplicationandpathogenicityofSARS-CoV-2B.1.1.Omicron”文章[4]。作者通过在人肺上皮(Calu3)和人肠上皮(Caco2)细胞感染Omicron及Omicron(RK)变异株发现,其复制能力以及引起细胞病变的致病力相较野生型SARS-CoV-2显著减弱,而Alpha、Beta、Delta变异株均表现出与野生型毒株相似甚至略微增强的复制能力。值得



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